Install Anaconda / Spyder on Ubuntu 2022

本文介绍在 Ubuntu 中安装 Spyder / Anaconda IDE 的方法。

About Python IDE

开发运行 Python 程序的环境非常灵活，定制性强，因此选择也就很复杂。如果是做数值计算、数据科学或者机器学习，就毫不犹豫地选 Anaconda 平台，它包含了 Numpy, Spyder, Matplotlib, Jupyter, ipython, machine learning 等等。否则可以选 Pycharm。

另外，不要一开始就选择在终端或 vscode 中开发 Python 程序，它们一般是熟手的选择。

在长期使用 Python 的过程中，你会慢慢发现一个典型的 Python 开发和运行环境包含： Python 解释器， Python 虚拟环境，包安装器 pip 和 Packages，各种 IDE 等等众多组成部分。

Ubuntu apt 源

不要通过 Apt 安装。

Spyder 不是 Ubuntu 的 apt 软件源。在 Ubuntu 22.04 上用 apt 安装 spyder 后 [1]，有 QT 错误，打不开 spyder。

How to install Spyder IDE on Ubuntu 22.04 - Unix / Linux the admins Tutorials

通过 Anaconda 安装

如果是使用 Ubuntu，那么正确的安装方法是下载官方的 linux 版本安装包，如 miniconda3，安装好 conda 之后，再用 conda 命令安装 spyder, numpy 等包。

这是首选方法，不必考虑其它方法。

Installing on Linux — Anaconda documentation

安装 miniconda

在 Anaconda 网站下载 Ubuntu 专用的 miniconda 安装包安装，而不是直接用命令行安装。此时，电脑上会多一个 miniconda 专用的 python 环境。

1. Download 提供官方的 miniconda script file ，install it in terminal

2. 修改为可执行，并执行 shell 安成 miniconda 的安装

3. 通过 conda 管理器安装第3方包：

   cd /home/dai/miniconda3/bin/
   ./conda install numpy
   ./conda install spyder
   ./conda install matplotlib
   

4. 启动 spyder。 有的安装在执许完上一步之后，可以在任意路径下通过 spyder 命令启动 spyder。如果找不到应用，先切换到安装目录。

   cd /home/dai/miniconda3/bin/
   ./spyder
   

5. 上面的方法安装的 spyder 有的能够直接在终端中用命令行启动，否则设置别名:

   alias spyder="nohup sh /home/dai/miniconda3/bin/spyder &"
   

如果使用上面的方法安装的 Spyder 无法打开，那么可以考虑安装其它（低）版本的 Spyder，以避免一些不必要的 Bug。Bug 挺多的，可以换不同的版本试试。Spyder 的版本与 Python 的版本并无直接关系。

Conda init

前面使用 conda 命令时，总是需要先进入 conda 的目录，显得不方便。更合适的方法是将该路径加入 PATH 环境变量中。

conda init 的作用是自动将 conda的路径加入到环境变量(PATH)中，它会在 ~/.bashrc 文件中加入以下内容：

# !! Contents within this block are managed by 'conda init' !!
__conda_setup="$('/home/dai/miniconda3/bin/conda' 'shell.bash' 'hook' 2> /dev/null)"
if [ $? -eq 0 ]; then
    eval "$__conda_setup"
else
    if [ -f "/home/dai/miniconda3/etc/profile.d/conda.sh" ]; then
        . "/home/dai/miniconda3/etc/profile.d/conda.sh"
    else
        export PATH="/home/dai/miniconda3/bin:$PATH"
    fi
fi
unset __conda_setup
# <<< conda initialize <<<

如果需要在启动 terminal 时，进一步切换到其它环境，例如: sphinx (假设 virtual env 已存在)

# >>> activate sphinx
conda activate sphinx
# <<< activate sphinx    

安装第3方 Packages

如果安装了 pyenv，那么打开终端时，总是在 pyenv 的虚拟的 python 环境中。首先要切换到 Spyder 所用的 Python 环境下。

找到并进入 minconda 的安装目录，例如：

cd /home/dai/miniconda3/bin/

如果没有安装 pyenv 等虚拟 Python 环境管理器，那么只需使用 conda 命令激活相应的环境后，即可使用 conda 安装所需第3方包。

用conda 或 pip 安装第3方包，例如：

conda install numpy
conda install spyder

或者：

./pip install scipy            #/// 指定用本目录中的 pip，而不是其它 pip

pip 在这里又成了 Python 的一个包管理器。从这点上讲 conda 是一个比 pip 层级更高的复合体。有些包只有 pip 源，没有 conda 源。

Spyder 设置常见问题

Spyder ini 文件位置

2023-11-30

在配置 Spyder 设置项（Spyder 软件的图形设置界面） 后，就启动不了 Spyder 了，可能是设置了不存在或不正确的绘图的引擎。此时可以先还原 spyder.ini 文件。

对于通过 anaconda (miniconda) 安装的 spyder 软件，其配置文件的位置为:

/home/dai/.config/spyder-py3/config/spyder.ini

最好的办法是在进行一些危险的配置前先做好配置文件的备份，出问题后直接从备份还原。

用 Pip 安装 Spyder

spyder 也可以通过 pip 安装。但并不推荐此方法，因为 pip 管理的 python 版本可能五花八门，很多时候与 spyder 的依赖冲突。而 anacodna 提供的安装包，一般会对 spyder 支持得更好。

下面记录曾经安装成功的过程，不推荐采用。

How to install Spyder 5.4 (and replace Spyder 4.2.1) on Ubuntu 22.04 - Silicon's blog

1. remove the old spyder

   cd ~
   sudo apt purge spyder -y
   sudo apt autoremove
   

2. install the spyder 5

   pip install spyder
   

3. softlink thd start scripts

   Note: 没有在以下路径找到 spyder 的有关文件

   sudo ln -s /home/your_username/.local/bin/spyder /usr/bin/spyder
   

4. start spyder from shell

   spyder
   

后记

用 which spyder 看到 spyder 程序位于 .pyenv/shims 目录下。问题是 shims 是谁建立的呢？

进一步观察发现，自制 setup 的命令通过 pip 都是安装在 .pyenv/shims 目录下。

然后再查了一下 shims 目录，看得懂的信息就不多了。

Python多环境管理——pyenv - 知乎

如果坚持在 conda 下使用 spyder，则不用理会下面的问题。

然而，是否可以在 Pyenv 中安装 Spyder 呢？

Spyder 是否可以使用 Pyenv 中的 Python 解释器?

在A机器上安装了 Spyder，其 Python interpreter 只能使用 miniconda 带的 python。否则会提示版本错误，版本不兼容。

而 B 机器用同样的方法安装 Spyder，可以使用 pyenv 下的 python。比较混乱。

Spyder 所要求的 python 版本要与 pyenv 中的 python 版本要兼容，不能出现矛盾的需求。

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[1]

在 ubuntu 2022 上用 apt 安装时，都没有任何 spyder 源。